Trotz baulicher Veränderungen im Laufe der Jahrhunderte ist die ehemalige Kirche des Klosters bis heute im Zentrum von Lilienthal als evangelische Pfarrkirche erhalten. Größere Umbauten gab es 1738 und im 20. Jahrhundert.

Es handelt sich um eine einschiffige Saalkirche aus Backstein mit einem steilen Giebel. Die Längswände haben in halber Höhe Rücksprünge; darauf waren ursprünglich flache Lisenen. Der Unterteil der Westfassade wurde im Barock verändert. Die Mauerbögen im unteren Teil der Nordwand stammen wohl vom einstigen Kreuzgang. Den geraden Ostgiebel zieren die im Original erhaltenen gotischen Arkadenverblendungen; die Strebepfeiler wurden nachträglich angefügt. Alle Fenster wurden im 19. Jahrhundert vergrößert und mit Maßwerk ausgestattet. Auch das große gotische Spitzbogenfenster in der Ostfassade stammt in dieser Form aus dem 19. Jahrhundert.

Der Dachreiter auf dem Satteldach ist im Wesentlichen im Original erhalten.

Der Innenraum ist in fünf querrechteckige Joche geteilt, als busige Kreuzgewölbe aus dem 15. Jahrhundert. Die ornamentalen Ausmalungen erfolgten in frühgotischen Formen, wobei die Formen auf den spätgotischen Gewölben wohl eine neue Interpretation von 1953 sind. 1976 wurden Reste wertvoller Wandgemälde mit biblischen Themen freigelegt. An der Nordwand befindet sich ein Steinrelief mit einer fein gearbeiteten Sitzmadonna, die in etwa aus dem dritten Viertel des 13. Jahrhunderts stammt. Im Chor steht der barocke Kanzelaltar von 1738. Hinter dem Chor zeigt ein Grabstein von 1385 als Ritzenzeichnung die Äbtissin Gertrud Scheene (Quelle: Wikipedia).